Análise de Polimorfismo

Os produtos de amplificação deve ser separados por eletroforese (3V/cm) em gel de agarose 1,5% e posteriormente corados por 15 minutos com brometo de etídio. Por ser este um agente intercalente, o DNA pode ser evidenciado e fotografado sob luz UV em transiluminador. O DNA de lambda clivado com Hund III é utilizado como marcador de peso molecular. A análise da variabilidade genética será realizada pelo agrupamento das linhagens segundo os princípios adotados em taxonomia numérica. Utiliza-se o coeficiente de similaridade Jaccard, que permite calcular similaridades com base em variáveis binárias (0 para ausência e 1 para presença de banda). As bandas são consideradas como variáveis enquanto as linhagens como unidades. O coeficiente é calculado segundo a fórmula J = M/P, onde M é o número de concordâncias positivas, e P o número total de variáveis, menos concordâncias negativas (Sneath & Sokal, 1973). Desta forma, o coeficiente J leva em conta apenas as discordâncias e as concordâncias positivas, quanto à presença ou ausência de bandas, desconsiderando as concordâncias negativas. Quanto maior a semelhança entre duas linhagens, maior é o valor do coeficiente de similaridade. As unidades serão agrupadas através do método UPGMA (Unweighted Pair-Group Method with Arithmetical Average), que é um modelo de agrupamento hierárquico, que permite a construção de dendrogramas (Snetah & Sokal, 1973). Matrizes e dondrogramas serão elaborados com auxílio do programa NTSYS-PC (Rohlf, 1988).