APLICAÇÕES
DO MÉTODO RAPD (Random Amplified Polymorfic
DNA)
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Dentre as aplicações
do método de RAPD, destacam-se uma maior facilidade na abordagem
de estudos de mapeamento genético, genética de populações e
taxonomia molecular.
De acordo com Williams et al. (1993), quando um marcador RAPD
é detectado como um segmento de DNA amplificado de um dos parentais
num cruzamento, mas não no outro parental, o marcador pode ser
rastreado na progênie segregante e pode ser relacionado a um
locus num mapa genético. E segundo resultados destes mesmos
autores, os RAPDs podem prover marcadores de DNA em regiões
genômicas que não são acessíveis à análise por RFLP, devido
à presença de seqüências de DNA repetitivo.
Os marcadores RAPD são dominantes, porque a presença de uma
dada banda não distingue se seu locus respectivo é homozigoto
ou heterozigoto. Se for necessário identificar regiões heterozigotas,
dois marcadores RAPD ligados, cada um amplificando para um dos
parentais, podem ser utilizados como um par. Por exemplo, a
amplificação de ambos marcadores do par é diagnóstico para uma
região genômica heterozigota, com uma incerteza igual ã distância
de recombinação entre os dois marcadores. A utilização de marcadores
aos pares requer duas vezes mais marcadores que em comparação
a marcadores codominantes (RFLPs). Uma outra alternativa seria
a excisão das bandas e utilização destas como sondas para detectar
RFLPs co-dominantes. Também é possível quantificar a intensidade
de bandas RAPD usando-se técnicas densitométricas padronizadas.
Uma banda RAPD derivada de uma região heterozigota teria metade
da intensidade da banda derivada de uma região homozigota (Williams
et al., 1993).
Os marcadores de DNA podem ser utilizados para medir a similaridade
entre indivíduos dentro de populações artificiais ou naturais
(por meio de cruzamentos) dentro de uma espécie. Para se comparar
a eficiência relativa dos marcadores de RAPD versus RFPL,
deve ser considerado que um único "primer" arbitrário geralmente
amplificará vários loci genéticos independentes, mas
pode ser usado para identificar a presença de apenas um alelo.
Apenas a presença ou ausência de uma banda RAPD pode ser detectada.
Ao contrário, as sondas de RFLP podem geralmente ser usadas
para ensinar um ou poucos loci de seqüências nucleotídicas
complementares, e também para detectar alelos múltiplos em cada
locus devido às variações nos tamanhos dos fragmentos
de RFLP.
Enquanto em milho oito alelos foram distinguidos num único
locus por uma sonda para RFLP, em soja a maioria dessas
sondas detectaram não mais do que dois alelos em cada um dos
dois loci homólogos. Entretanto, pode ser recomendável
usar as sondas RFLP, para estudos de populações de fecundação
cruzada, geneticamente diversas, como o milho, enquanto os marcadores
RAPD seriam adequados para análise de espécies mais uniformes,
autógamas como a soja. A diversidade entre populações e espécies
é influenciada por múltiplos fatores, incluindo ciclo de vida,
tempo de geração, fecundação aberta ou fechada, tipos de dispersão
de pólen, limites geográficos e nicho ecológico. Estas características
biológicas deveriam ser consideradas para o desenvolvimento
de estratégias para se quantificar a diversidade com marcadores
genéticos ao nível de DNA (Williams et al., 1993).
De acordo com Williams et al., (1993), a amplificação com "primers"
arbitrários é extremamente sensível para mudanças de uma base
no sítio alvo do "primer". Esta característica sugere que os
RAPDs são altamente úteis para a análise filogenética entre
indivíduos muito interelacionados, embora menos úteis para a
análise de indivíduos geneticamente diversos.
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