Início - Embrapa Meio Ambiente

 

Microrganismos Endofíticos: fungos, bactérias e actinomicetos que vivem no interior de plantas, sistemicamente, sem causar danos.
O Projeto


Resumo
-
Summary - Introdução - Objetivos - Justificativa - Revisão de Literatura - Materiais e Métodos
Referências Bibliográficas - Equipe - Cronograma - Infra-estrutura

APLICAÇÕES DO MÉTODO RAPD (Random Amplified Polymorfic DNA)

    Dentre as aplicações do método de RAPD, destacam-se uma maior facilidade na abordagem de estudos de mapeamento genético, genética de populações e taxonomia molecular.

    De acordo com Williams et al. (1993), quando um marcador RAPD é detectado como um segmento de DNA amplificado de um dos parentais num cruzamento, mas não no outro parental, o marcador pode ser rastreado na progênie segregante e pode ser relacionado a um locus num mapa genético. E segundo resultados destes mesmos autores, os RAPDs podem prover marcadores de DNA em regiões genômicas que não são acessíveis à análise por RFLP, devido à presença de seqüências de DNA repetitivo.

    Os marcadores RAPD são dominantes, porque a presença de uma dada banda não distingue se seu locus respectivo é homozigoto ou heterozigoto. Se for necessário identificar regiões heterozigotas, dois marcadores RAPD ligados, cada um amplificando para um dos parentais, podem ser utilizados como um par. Por exemplo, a amplificação de ambos marcadores do par é diagnóstico para uma região genômica heterozigota, com uma incerteza igual ã distância de recombinação entre os dois marcadores. A utilização de marcadores aos pares requer duas vezes mais marcadores que em comparação a marcadores codominantes (RFLPs). Uma outra alternativa seria a excisão das bandas e utilização destas como sondas para detectar RFLPs co-dominantes. Também é possível quantificar a intensidade de bandas RAPD usando-se técnicas densitométricas padronizadas. Uma banda RAPD derivada de uma região heterozigota teria metade da intensidade da banda derivada de uma região homozigota (Williams et al., 1993).

    Os marcadores de DNA podem ser utilizados para medir a similaridade entre indivíduos dentro de populações artificiais ou naturais (por meio de cruzamentos) dentro de uma espécie. Para se comparar a eficiência relativa dos marcadores de RAPD versus RFPL, deve ser considerado que um único "primer" arbitrário geralmente amplificará vários loci genéticos independentes, mas pode ser usado para identificar a presença de apenas um alelo. Apenas a presença ou ausência de uma banda RAPD pode ser detectada. Ao contrário, as sondas de RFLP podem geralmente ser usadas para ensinar um ou poucos loci de seqüências nucleotídicas complementares, e também para detectar alelos múltiplos em cada locus devido às variações nos tamanhos dos fragmentos de RFLP.

    Enquanto em milho oito alelos foram distinguidos num único locus por uma sonda para RFLP, em soja a maioria dessas sondas detectaram não mais do que dois alelos em cada um dos dois loci homólogos. Entretanto, pode ser recomendável usar as sondas RFLP, para estudos de populações de fecundação cruzada, geneticamente diversas, como o milho, enquanto os marcadores RAPD seriam adequados para análise de espécies mais uniformes, autógamas como a soja. A diversidade entre populações e espécies é influenciada por múltiplos fatores, incluindo ciclo de vida, tempo de geração, fecundação aberta ou fechada, tipos de dispersão de pólen, limites geográficos e nicho ecológico. Estas características biológicas deveriam ser consideradas para o desenvolvimento de estratégias para se quantificar a diversidade com marcadores genéticos ao nível de DNA (Williams et al., 1993).

    De acordo com Williams et al., (1993), a amplificação com "primers" arbitrários é extremamente sensível para mudanças de uma base no sítio alvo do "primer". Esta característica sugere que os RAPDs são altamente úteis para a análise filogenética entre indivíduos muito interelacionados, embora menos úteis para a análise de indivíduos geneticamente diversos.

     


Início - Embrapa Meio Ambiente Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento

Site Oficial do Projeto "
Diversidade de Microrganismos Endofíticos e seu Potencial Biotecnológico"